支原體污染是細胞培養過程中較常見污染之一，保守估計常規細胞培養中有15–35%存在支原體污染。支原體生長緩慢，不會馬上使細胞死亡，但會影響細胞內的各種參數，例如部分支原體會快速消耗培養基中的精氨酸，與細胞競爭營養，從而使細胞的生長速度減慢或停止；同時支原體還可以改變細胞的酶譜、細胞膜成分，造成細胞染色體異常或細胞病理性改變等。

細胞培養過程中，在顯微鏡下能看到一些小黑點，這些小黑點可以呈點狀，也可以呈碎片狀，一般在原地振動。抗生素藥物對其均無效，一般即可判斷為黑膠蟲。

黑膠蟲可寄生于動物細胞，也可以生存于培養基中，依靠細胞和培養基中的營養為生，并隨細胞傳代而傳代。黑膠蟲污染常在細胞復蘇、培養條件改變、細胞接種密度低及細胞狀態不佳時出現，黑膠蟲與細胞競爭性生長，開始時對細胞沒有什么影響，但當黑膠蟲的數量多到一定程度的時候，細胞生長就會受到影響甚至死亡，嚴重影響實驗進展。

在細胞污染源中，研究人員往往忽略了來自細胞房、培養箱、水浴鍋、水盤內的細菌及真菌等污染。保持細胞房大環境綠色安全，對我們獲得理想的實驗結果也十分重要。

EB（溴化乙錠），屬于核酸分子嵌入劑，通常用于分子遺傳學、DNA和染色質結構分析等研究中，特別是國內實驗室經常使用EB進行凝膠核酸電泳實驗的染色。EB作為誘變性的化合物，在人體中誘導突變的機制是不可逆轉的。長期使用EB或者所處實驗環境中有暴露的EB，都可能對操作人員造成潛移默化的危害，尤其是遺傳方面。EB的廢液處理不當，也對周圍存在生物安全隱患，污染環境。

RNase的存在會降解與其接觸的任何RNA分子，導致有價值的樣品丟失或干擾實驗。由生物體表達制成的生物制品，或者實驗環境、平臺中易存在RNase殘留污染，RNase會迅速降解芯片研究、實時熒光定量PCR、Northern blot、cDNA克隆等實驗中的重要樣品，導致實驗數據的丟失，以及時間或金錢的浪費。

核酸氣溶膠污染，即DNA/RNA氣溶膠污染，是實驗室中極易出現的一種空氣污染。空氣與液體的液面摩擦，離心機離心，劇烈搖動反應管，PCR開蓋，移液器反復吸樣，污染物外泄等情況均會產生核酸氣溶膠，但更多的是樣本間的交叉感染。這類污染的危害對于PCR實驗結果尤其顯著：極微量的核酸氣溶膠污染, 即可形成假陽性。更嚴重的是，一旦形成氣溶膠污染，則可引起整個PCR實驗室污染，甚至需要關閉實驗室。